Clêmentê thành Alexandria tuyên bố rằng Gioan khi nhận ra các tác giả phúc âm khác đã ghi lại các sự kiện lịch sử rồi, thì ông viết một phúc âm có tính linh đạo, dường như từ lâu đã là cách hiểu đầy đủ và chính xác về mối tương quan giữa Phúc âm thứ IV và ba phúc âm kia.[45] Bố cục và nội dung của Phúc âm Gioan khác với các Phúc âm Nhất lãm nhưng khác biệt nổi cộm nhất lại liên quan đến chân dung của Chúa Giêsu, những việc Ngài làm và những vấn đề Ngài nói ra.[46] Cách nói diễn đạt và từ ngữ sử dụng của Chúa Giêsu trong Phúc âm Gioan khác hẳn với Chúa Giêsu trong các Phúc âm Nhất lãm. Người ta có lý mà nói rằng các lời của Đức Giêsu trong Phúc âm Gioan không mang tính Giêsu (jesuanisch) cho bằng mang tính Gioan (johanneisch).[47] Việc Phúc âm Gioan không có trình thuật về Giáng sinh, Tiệc Ly cũng như tất cả các dụ ngôn và Kinh Lạy Cha và hầu hết các trình thuật của Nhất lãm về thừa tác vụ công khai vẫn là nguồn gây rắc rối liên tục cho các nhà chú giải.[48]

Điểm khác biệt độc đáo nữa của Phúc âm Gioan với Nhất lãm là không có lời rao giảng nào về Nước Thiên Chúa cũng như những lời giáo huấn khuyến thiện hay đạo đức như Phúc âm Nhất lãm. Toàn bộ Phúc âm tập trung vào con người Đức Giêsu và vào đức tin, một điều kiện duy nhất của ơn cứu độ.[3] Chúa Giêsu trong Phúc âm Gioan cũng không bị Satan hay ma quỷ cám dỗ cũng như bị âu lo bao phủ như trình thuật về Người trong vườn Giệtsimani của Phúc âm Nhất lãm.[49] Có giả thiết rằng Gioan viết sau các tác giả Phúc âm khác và viết với sự biết rõ các Phúc âm ấy, như việc sử dụng từ ngữ và việc sắp xếp các cụm sự kiện theo thứ tự của Phúc âm Maccô và Luca[50] nhưng không có bằng chứng nào cho thấy để hiểu Phúc âm Gioan đòi hỏi phải hiểu các Phúc âm khác nên không rõ tác giả Phúc âm Gioan có sử dụng Phúc âm Nhất lãm làm nguồn hay không.[46]

Xét về bản văn, có sự khác biệt khá sâu xa giữa Phúc âm Gioan và Phúc âm Nhất lãm, không những khác biệt về phương diện tư tưởng mà còn khác biệt về cách thức tổ chức các dữ liệu.[51] Ngay cả khi có các chất liệu giống nhau như một trình thuật hay một diễn từ, Gioan cũng không sao chép lại truyền thống của Nhất Lãm. Phúc âm Gioan chỉ kể lại 2 trong số 29 phép lạ của Nhất Lãm, đó là phép lạ Hóa bánh ra nhiều và việc Chúa Giêsu đi trên mặt biển.[52] Ngược lại, Phúc âm Gioan trình bày 5 "dấu chỉ" khác không có trong Nhất lãm: biến nước thành rượu (2, 1-11); chữa lành con viên bách quản (4, 46-54); chữa lành người bất toại bên hồ nước (5, 1-9); chữa người mù từ thuở mới sinh (9, 1-7); và phục sinh Ladarô (11, 33-44). Trong các diễn từ khởi từ chương 13-17 không có một diễn từ nào có trong Nhất lãm.[52]

Về yếu tố thời gian, Phúc âm Nhất lãm chỉ nói đến một lần Lễ Vượt Qua là dịp lễ Chúa chịu chết, như Chúa Giêsu chỉ lên Jerusalem có một lần và sứ vụ của Ngài chỉ vỏn vẹn một năm. Ngược lại với Nhất lãm, Phúc âm Gioan trình bày bối cảnh của 5 ngày lễ Do Thái, trong đó có ba Lễ Vượt Qua (2, 1; 6, 4; 11, 55 và 12, 1-12), Chúa Giêsu lên Jerusalem ít nhất là 5 lần với thời gian sứ vụ của Ngài ít nhất là hai năm.[53] Thời điểm Chúa Giêsu chịu khổ nạn trong Phúc âm Gioan trước Lễ Vượt Qua trong khi Phúc âm Nhất lãm mô tả cuộc khổ nạn diễn ra sau buổi ăn Lễ Vượt Qua.[54] Sự kiện Chúa Giêsu tẩy uế đền thờ trong Phúc âm Gioan diễn ra vào lúc bắt đầu sứ vụ của Ngài, trong khi của Phúc âm Nhất lãm là vào thời điểm gần kết thúc.